bet365-777（简称长江水保局）于1976年1月由国务院环境保护领导小组、水利电力部批准成立。当时命名为“长江水资源保护局”。1983年5月，城乡建设环境保护部、水利电力部联合下发《关于对流域水资源保护机构实行双重领导的决定》对长江水保局实行双重领导。1984年6月，更名为“水利电力部、城乡建设环境保护部bet365-777”。1991年3月，更名为“水利部、国家环境保护局bet365-777”迄今。

2002年9月机构改革后，长江水保局是长江水利委员会单列机构。长江水保局与长江水资源保护科学研究所和长江流域水环境监测中心合署办公，一套班子、三块牌子、三位一体的机构体制，转变为政事分开，局、所、中心分开运行的管理模式，长江水资源保护科学研究所和长江流域水环境监测中心成为长江水保局下属独立建制单位。2003年6月，长江水保局、长江水资源保护科学研究所和长江流域水环境监测中心、长江水保局上海局、综合服务中心经国家事业单位登记管理局注册登记为事业法人单位。

2003年6月，经长江水利委员会批复同意，长江水保局成立丹江口局（正处级），为长江水保局派出机构。2007年丹江口局登记注册为事业法人单位。

2012年1月，水利部《关于印发bet365-777主要职责机构设置和人员编制规定的通知》，再次明确长江水保局为长江水利委员会的单列机构，是具有行政职能的事业单位。长江水利委员会水资源保护的行政职责由长江水保局承担。